Die Kläranlage Waginger See wurde am 19. Oktober 1995 eingeweiht. Der Abwasseranfall beträgt pro Tag ca. 3.605 m³. Das Abwasser erreicht das Kläranlagengelände in freiem Gefälle. Ein Pumpwerk vor der Kläranlage ist deshalb nicht erforderlich. Am Beginn des Reinigungsprozesses stehen die mechanischen Reinigungsstufen. Dazu zählen Rechen, Sandfang und Vorklärbecken. Die folgenden Belebungsbecken bilden das Herzstück der Kläranlage. In ihnen findet die biologische Reinigung, verbunden mit einer weitgehenden Elimination der Stickstoffverbindungen durch Nitrifikation und Denitrifikation, statt.

Einen weiteren Schritt der biologischen Reinigung bilden die beiden Nachklärbecken, in denen sich der sogenannte Belebtschlamm vom Wasser trennt und sich aufgrund der Schwere am Beckenboden absetzt. Das Wasser ist nun soweit gereinigt, sodass es den Ablaufanforderungen entspricht und in den sogenannten Vorfluter eingeleitet werden darf.